Em princípios do século XVII, a Inquisição levou a cabo uma perseguição a alguns lentes da Universidade de Coimbra, entre os quais André do Avelar, Francisco Velasco de Gouveia e, o mais famoso, António Homem, que acabou na fogueira em 1624.
Joaquim Romero de Magalhães comenta a atitude que Universidade teve perante esta situação:
A Universidade «peca por ausência, por estrutural seguidismo e acatamento acrítico dos desejos régios e dos poderes que sente mais fortes. Com razão temeria que a mocidade fosse “levada do imoderado amor de saber mais”, como mais tarde se afirmaria. Os saberes instrumentais que à Corte e à Igreja convinham não eram ilimitados, pelo contrário, bem condicionados (ou acondicionados?). Por isso as perseguições inquisitoriais não dizem respeito à Universidade, sejam elas movidas contra os professores do Colégio das Artes (...) ou ainda contra os nove estudantes que em 1781 foram condenados por naturalismo e dogmatismo. A Universidade enquanto corpo deixa passar. Mas fica sempre avisada.»
(Vd. J. Romero Magalhães – História da Universidade em Portugal)
No século XVII e XVIII houve quem fosse condenado ao cárcere e à fogueira por pensar e por invejas. A católica e régia Universidade de Coimbra não se incomodou muito com isso. E hoje? Constitui a Universidade Portuguesa um espaço de liberdade e democracia? Que pervivências do Antigo Regime conseguem identificar, ainda que sob outras vestes? Não há coisas, como os trajes dos lentes ou o voto por bolas brancas e pretas, que cheiram a bolor?